En cuanto a su formación, se cree que la Laguna de la Janda fue originada por un sistema deltaico fluvial. Los ríos Guadalete y Barbate habrían transportado grandes cantidades de sedimentos desde las montañas cercanas hasta el litoral atlántico, generando un delta que gradualmente se transformó en una laguna debido al levantamiento tectónico y cambios climáticos. La composición del suelo en los alrededores de la antigua laguna incluye arcillas y arena depositadas durante el Mioceno. Además, hay evidencias paleontológicas que indican  presencia pasada del mar en esta área. En términos biogeográficos, antes del drenaje del siglo XX para cultivos agrícolas intensivos como parte del Plan Badajoz para combatir enfermedades transmitidas por mosquitos (como paludismo), era uno los humedales más importantes para aves acuáticas migratorias e invernantes en Europa occidental. Se estima que más 20 especies diferentes nidificaban allí. A pesar de estar desecada actualmente debido al drenaje humano realizado hace décadas, todavía existen algunos vestigios remanentes del antiguo ecosistema acuático. Además, varios proyectos están trabajando para restaurar parte o toda esta área como humedal nuevamente. En resumen, la Laguna de la Janda es un sitio con una interesante historia geológica y ecológica. Aunque ahora está mayormente desecada debido a actividades humanas pasadas y presentes centradas en agricultura intensiva; sigue siendo un lugar relevante desde el punto vista científico e histórico dentro del campo.